北京工程管理科学学会的前身是北京统筹与管理科学学会，是由北京市和在京有关部门、有关专业系统的企业以及从事教育、科研、管理和技术工作的人员自愿组成的，以北京各大建筑（市政）集团企业和有关大学的代表为主组成的学术团体，是北京市科学技术学会的组成部分。学会成立于1980年7月26日，是在华罗庚教授倡导下，由李庆华等同志创建的；第一届理事长是北京市建筑工程局局长伍子玉，第二届理事长是北京市建筑工程局副局长童芝荪，第三届和第四届理事长是北京市建委副主任张寿岩，第五届理事长是北京城建集团总经理郁志桐。2006年10月28日召开的六次会员代表大会，选举产生了第六届理事会至今，理事长是北京建工集团副总经理田振郁。学会设监事会和专家组及组织委员会、咨询委员会、项目管理委员会、培训委员会、技术委员会、学术委员会和办公室。
学会于2006年7月12日由北京统筹与管理科学学会更名为北京工程管理科学学会。更名的理由是使学会的名称与会员构成更符合，与学会的宗旨更符合，与学会的研究方向更符合，对学会的发展更有利。
北京工程管理科学学会的挂靠单位是北京建工集团有限责任公司。
